Действие происходит в VI веке и охватывает несколько сюжетных линий, которые переплетаются по ходу повествования. События в книге построены вокруг политической жизни Византии времён Юстиниана Великого, хотя в центре внимания автора — развивающиеся славянские общины. «Русь изначальная» — первое произведение не только в русской, но и в мировой литературе, посвящённое эпохе VI века.